U rujnu 2017. godine započela je provedba projekta "Razvoj okvira za upravljanje ekološkom mrežom Natura 2000" (K.K.06.5.2.03.0001). Projekt je odobren za EU sufinanciranje u okviru Operativnog programa Konkurentnost i kohezija 2014.-2020., Specifičnog cilja 6iii2 - "Uspostava okvira za održivo upravljanje bioraznolikošću (primarno ekološkom mrežom Natura 2000)". Ukupna vrijednost projekta je 186.497.150,36 kn, od čega je EU sufinanciranjem osigurano 158.503.452,80 kn bespovratnih sredstava. U okviru projekta predviđa se izrada planova upravljanja za najmanje 40% područja ekološke mreže. Radi učinkovitog upravljanja šumskim ekosustavima, projektom će se izraditi programi zaštite šuma. Projekt obuhvaća i praćenje učinkovitosti mjera očuvanja slatkovodnih ekosustava (pilot aktivnost). Kapaciteti upravljača ključni su za učinkovitost upravljanja te projekt predviđa niz edukacijskih aktivnosti. Unaprijedit će se i postojeće informacijsko komunikacijske tehnologije, alat u sklopu Informacijskog sustava zaštite prirode (ISZP-Bioportal), te nabaviti oprema neophodna za izradu planova upravljanja te samo upravljanje. Za određeni broj područja ekološke mreže podaci o nekim manje poznatim ili rijetkim stanišnim tipovima i vrstama su nedostatni pa projekt obuhvaća i terensko prikupljanje podataka u svrhu određivanja stanja ciljnih vrsta i stanišnih tipova, kako bi se definirali ciljevi očuvanja i prijedlozi mjera, odnosno aktivnosti za njihovo očuvanje i/ili poboljšanje stanja. U cilju osiguranja financijske održivosti upravljanja ekološkom mrežom, projekt obuhvaća izradu tzv. "Okvira za prioritetne aktivnosti (engl. PAF)". Korisnik projekta je Ministarstvo gospodarstva i održivog razvoja, Uprava za zaštitu prirode (MINGOR-UZP), partner projekta je Zavod za zaštitu okoliša i prirode (ZZOP), dok su javne ustanove za upravljanje nacionalnim parkovima ili parkovima prirode te javne ustanove za upravljanje ostalim zaštićenim područjima i/ili drugim zaštićenim dijelovima prirode te Hrvatske vode suradnici na projektu.