Plitko područje
Pomerski zaljev najuvučeniji je dio Medulinskog zaljeva smješten na obalama značajnog krajobraza Gornji Kamenjak. Ovo neobično plitko područje, nastalo je za vrijeme posljednjeg ledenog doba, prije 10 000 godina. S tri strane okružen je kopnom, dok se sa strane koja gleda na Medulinski zaljev proteže brana. Izgrađena je isključivo ljudskom rukom kako bi zadržavala ribu. Na dva je mjesta propusna, a plima i oseka su glavni čimbenici koji određuju razinu morske vode u zaljevu. Slanost može varirati od bočate do hipersaline vode, ovisno o oborinama, evaporaciji i pridolasku svježe morske vode morskim strujanjima i za oluja, plavljenja mora zimi ili za vrijeme plime. Izrazite varijacije u temperaturi i slanosti mora odredile su takve uvjete da površina ovog područja, za vrijeme jakih zimskih bura, može biti potpuno zaleđena.
Pomerski zaljev je sa biološkog stajališta izrazito važno područje. Osim što je pogodno mjesto za mrijest mnogih ribljih vrsta i rast riblje mlađi, ovakav tip staništa izuzetno je rijedak čak i na europskoj razini. Takva su staništa tipična za područje laguna Venecije i mnoge vrste koje u Pomerskom zaljevu susrećemo nisu karakteristične za hrvatski dio obale, već upravo za lagune Venecije.
Čitavo područje uključeno je u Natura 2000 mrežu. Budući da je izrazito plitko, sa velikim varijacijama u temperaturi, slanosti i volumenu te fizički odvojeno od ostatka mora, svrstava se u obalne lagune. Među brojnim životinjskim i biljnim vrstama posebno se ističu livade morske cvjetnice imena svilina (Cymodocea nodosa). Područje je brojno rakovima, a česti su i trpovi, ježinci, cjevaši, spužve, razni žarnjaci, te jedna posebna vrsta ribe obrvan (Aphanius fasciatus), koja na Zemlji postoji još iz doba Tetis mora.
Koliko je ovo područje značajno govori i podatak da se na ovom izrazito plitkom području nalaze vrste koje naseljavaju različite tipove staništa (muljevito dno, pjeskovito dno, kamenito dno) te vrste koje preferiraju različite dubine morske vode.
Utočište ptica selica
Osim što je ispod razine mora bogato životom, ovo je područje vrlo značajno i za mnoge vrste ptica koje ovdje nalaze utočište i odmor na svom migracijskom putu.
Obalne su lagune zbog konfiguracije terena rijetka staništa istočnojadranske obale. Kao i većina niskih morskih obala, ovo je stanište ugroženo urbanizacijom, nasipavanjem te onečišćenjem krutim ili tekućim otpadom. Stoga se svi zahvati u blizini ovih ugroženih staništa moraju posebno nadzirati te pratiti fizikalne, kemijske i biološke parametre kako bi se pravovremeno odredile negativne promjene.